實(shi)驗方(fang)法原(yuan)理:
①模(mo)板(ban)DNA的(de)變性:模(mo)板(ban)DNA經加(jia)熱至(zhi)94℃左(zuo)右(you)壹定時間(jian)後(hou),使(shi)模(mo)板(ban)DNA雙(shuang)鏈或(huo)經(jing)PCR擴增形成的(de)雙(shuang)鏈DNA解(jie)離,使(shi)之(zhi)成為單(dan)鏈,以(yi)便(bian)它(ta)與引(yin)物(wu)結(jie)合,為(wei)下輪(lun)反(fan)應(ying)做準(zhun)備;
②模(mo)板(ban)DNA與引(yin)物(wu)的(de)退火(復(fu)性):模(mo)板(ban)DNA經加(jia)熱變性成(cheng)單(dan)鏈後(hou),溫(wen)度降(jiang)至(zhi)55℃左(zuo)右(you),引物(wu)與模(mo)板(ban)DNA單(dan)鏈的(de)互補序列(lie)配(pei)對(dui)結合;
③引物(wu)的(de)延伸(shen):DNA模(mo)板(ban)--引物(wu)結(jie)合物(wu)在Taq酶(mei)的(de)作用(yong)下,以(yi)dNTP為反(fan)應(ying)原料(liao),靶(ba)序(xu)列(lie)為模(mo)板(ban),按(an)堿(jian)基配(pei)對(dui)與半(ban)保留(liu)復制原理,合成(cheng)壹條(tiao)新(xin)的(de)與模(mo)板(ban)DNA 鏈互補的(de)半(ban)保留(liu)復制鏈。
重(zhong)復(fu)循環變(bian)性--退火--延(yan)伸(shen)三(san)過(guo)程,就可獲(huo)得(de)更(geng)多的(de)“半(ban)保留(liu)復制鏈",而(er)且(qie)這(zhe)種(zhong)新(xin)鏈又可成(cheng)為(wei)下次(ci)循環的(de)模(mo)板(ban)。每(mei)完(wan)成壹個(ge)循環需2~4分鐘(zhong), 2~3小(xiao)時就(jiu)能將待(dai)擴目的(de)基因(yin)擴增放大(da)幾百(bai)萬(wan)倍(bei)。
典型(xing)的(de)PCR包括高溫(wen)變性、低(di)溫(wen)退火、中溫(wen)延伸三(san)個(ge)步驟,通過將這(zhe)壹套過程(cheng)不(bu)斷(duan)循環,使(shi)DNA得(de)以(yi)成百(bai)萬(wan)倍(bei)的(de)擴增。
PCR擴增後(hou)出(chu)現的(de)條(tiao)帶(dai)與預(yu)計的(de)大(da)小不(bu)壹致(zhi),或(huo)大(da)或(huo)小(xiao),或(huo)者同(tong)時出(chu)現特(te)異性擴(kuo)增帶與非(fei)特(te)異性擴(kuo)增帶。非(fei)特(te)異性條(tiao)帶(dai)的(de)出現(xian),其(qi)原因(yin):
壹是(shi)引物(wu)與靶(ba)序列(lie)不全(quan)互補、或(huo)引(yin)物(wu)聚(ju)合形(xing)成(cheng)二聚(ju)體。
二是(shi)Mg2+離子濃(nong)度過高、退火溫(wen)度過低(di),及(ji)PCR循環(huan)次(ci)數過多有(you)關。其(qi)次(ci)是(shi)酶(mei)的(de)質和(he)量,往(wang)往(wang)壹些來(lai)源(yuan)的(de)酶(mei)易出現(xian)非(fei)特(te)異條(tiao)帶(dai)而(er)另壹來(lai)源(yuan)的(de)酶(mei)則(ze)不(bu)出(chu)現,酶(mei)量過(guo)多有(you)時也(ye)會出(chu)現非(fei)特(te)異性擴(kuo)增。
其(qi)對策有(you):
①必要時重(zhong)新(xin)設計引物(wu)。
②減低酶(mei)量或(huo)調(tiao)換另壹來(lai)源(yuan)的(de)酶(mei)。
③降(jiang)低(di)引(yin)物(wu)量,適(shi)當增加模(mo)板(ban)量,減(jian)少(shao)循環(huan)次(ci)數。
④適當提(ti)高退火溫(wen)度或(huo)采(cai)用(yong)二溫(wen)度點法(fa)(93℃變性,65℃左(zuo)右(you)退火與延(yan)伸)。
出現片狀拖帶(dai)或(huo)塗(tu)抹帶(dai):
PCR擴增有時出(chu)現塗(tu)抹帶(dai)或(huo)片狀帶(dai)或(huo)地毯(tan)樣(yang)帶。其(qi)原因(yin)往往由(you)於酶(mei)量過(guo)多或(huo)酶(mei)的(de)質量差,dNTP濃(nong)度過高,Mg2+濃(nong)度過高,退火溫(wen)度過低(di),循環(huan)次(ci)數過多引(yin)起。
其(qi)對策有(you):
①減少酶(mei)量,或(huo)調(tiao)換另壹來(lai)源(yuan)的(de)酶(mei)。
②減少dNTP的(de)濃(nong)度。
③適當降(jiang)低(di)Mg2+濃(nong)度。
④增加模(mo)板(ban)量,減(jian)少(shao)循環(huan)次(ci)數。